Con anterioridad hubo otra iglesia en el lugar que ocupa la actual. Esa iglesia fue destruida por los franceses durante la ocupación entre loa años 1803 a 1813. Una vez liberada la ciudad, empezó su reconstrucción, dirigida por el arquitecto Ignacio de Zunzunegui. La Iglesia de San Pedro de la Fuente se terminó alrededor de 1830.