文武廟為中國北朝宮殿式的廟宇建築，規模宏大、氣勢磅礡，廟分三殿，前殿二樓為水雲宮，祀開基元祖及文昌帝君等，中殿武聖殿，祀關聖帝君及岳武穆王，後殿大成殿，則祀至聖先師孔子等。文武廟的大成殿是全台唯一開中門的孔廟，根據廟方表示，那是因為文武廟位於日月潭畔，平常遊客眾多，為了方便遊客的進出才加開中門，並沒有特別的用意，不過大成殿以青銅雕鑄的孔子坐像，則是全省唯一奉有聖像的孔廟，除了孔子聖像外，尚有孟子及子思，這三尊神像原本奉於中國大陸，在清末義和團亂事中輾轉流落到日本的狹山不動寺，之後經過複製才移遷文武廟。