Das der Heiligen Maria geweihte Kloster wurde 1132 durch Konrad und Arbeo von Sittling-Biburg als benediktinisches Doppelkloster an Stelle der Burg Biburg gegründet. Nach einem Brand 1278 und wirtschaftlichen Problemen musste der Abt Heinrich IV. Ende des 13. Jahrhunderts Güter des Klosters verkaufen. Nach wirtschaftlicher Erholung und einer Blüte des Klosters ab 1400 verließen die Mönche in den Wirren der Reformation das Kloster. 1555 wurde das leerstehende Kloster aufgehoben, die Anlage kam in landesherrliche Verwaltung. 1589 erhielten Jesuiten aus Ingolstadt die Gebäude. 1781 übernahm der Malteserorden die Klosteranlage. 1808 ging das Kloster durch die Säkularisation in Bayern in das Eigentum des bayerischen Staates über.
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