根據廟內石碑記載，清康熙年間有18位中國商人跨海渡台由現今西子灣上岸墾荒，卻被視為叛民集體革殺，附近居民感念18位先民的精神，就收歛遺體集中收納祠堂供祭，此為王公廟最早起源。
日治時代，日人為了開闢高雄港，開鑿現今的西子灣山洞，不料工程不順、死傷無數，經居民建議，日本官府焚香向18王公祈求庇佑之後才得以順利完成，經地方人士四處集資，在現今中山大學運動場的用地上，興建最早的十八王公廟，後來配合中山大學建校，該廟才在1984年間遷至山岬上的現址，由於夜晚到西子灣看海人潮日增，該廟香火也隨之鼎盛。