Ulu Camii yanında Vacidiye Medresesi olarak bilinen yapıdadır. Medrese binası 1314 yılında Germiyan beylerinden Umur Bin Savcı tarafından yaptırılmıştır. Kesme taştan inşa edilen yapının portali Selçuklu sanatının özelliklerini gösterir. Kapıları kubbeli orta mekana açılan dokuz küçük odası vardır. Müzede yer alan vitrinlerde Miyosen döneminden itibaren, Paleolitik, Kalkolitik, Eski-Tunç, Hitit, Frig, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait eserler teşhir edilmektedir. Dünyadaki 20 amazon lahdinden en sağlamı Kütahya Arkeoloji Müzesindedir.