據傳在明朝崇禎年間，鹿耳門的漁民搭建簡陋的草廟，主祀天上聖母，當地稱為「鹿耳門媽」。後來鄭成功為感謝驅逐荷人期間，鹿耳門媽顯靈相助將廟宇重建，並增祀隨艦護軍之三尊聖母神像，信徒稱「國姓媽」。歷經毀壞、重建、更名的演變，在1960年正名為「鹿耳門聖母廟」。後來鹿耳門媽靈示親擇原廟北六百公尺之地為新廟址，1981年新廟落成安座，稱「正統鹿耳門聖母廟」。整體建築是仿照北京紫禁城宮殿建築所構思設計的。分為南北四進三落五殿，兩側則以廂房迴廊相接，加上廟宇四周的壕溝，使聖母廟更像中國古代宮殿格局。