Situada no lado norte do claustro, foi mandada construir pelo arcebispo D. Diogo de Sousa, para sua jazida, tendo-a dedicado a "Jesus da Misericórdia". Esta capela alberga os túmulos dos arcebispos, D. Diogo de Sousa e Frei Caetano Brandão.

No retábulo de talha dourada do altar encontra-se a imagem da Nossa Senhora da Piedade, que aí foi colocada numa data posterior à da sua construção.