O Orgão está instalado em dois varandins colocados lateralmente na nave central em perfeita harmonia estética com o Coro Alto.

Foram feitos no mesmo período da reforma do cadeiral do Coro. As caixas estão profusamente recobertas de inúmeras figuras alegóricas e angélicas e outros ornatos em talha dourada. Em forma de remate deste conjunto, no alto de cada lado, as imagens da Religião e Fortaleza (lado esquerdo) e da Fé , Esperança e Caridade (lado direito). Nas paredes laterais do lanternim duas águias seguram dísticos latinos que dizem: "Quem viu igual a isto ?” "Quem ouviu coisa semelhante ?” - cuja intenção era declaradamente enaltecer a grandiosidade da obra!

O Cabido contratou Frei Simão Fontana, de origem Galega, para a construção destes orgãos que datam um de 1737 e outro de 1738; a sua decoração foi ,realizada por Marceliano de Araújo, um dos melhores entalhadores de Braga, desta época.