A Igreja dos Lóios pertenceu ao Convento dos Lóios ou Convento de São João Evangelista e foi erguida a mando do primeiro Conde de Olivença, D. Rodrigo Afonso de Melo, no ano de 1485 sobre o que restava de um castelo medieval. Estava destinada a ser o panteão da família Melo e de facto a sua intenção confirma-se através dos vários sepulcros que aí se encontram. Entre eles, na Capela do Santíssimo, o esplendoroso túmulo de Francisco de Melo, obra renascentista de Nicolau de Chanterene.